Salut, tu parles de multisites mais ça ressemble plus à du multidomaines non ?
Si tes permaliens sont identiques ça ne devrait pas être compliqué (par rapport au référence naturel).
Actuellement tu as : mondomainex.com/ma-page-de-presentation sur le site Joomla
Mais est-ce que tu as : mondomainey.com/ma-page-de-presentation sur le site WordPress ?
Si oui c’est assez simple, si non il te faut déjà prévoir une table de redirections entre les contenus Joomla et les WordPress sinon les recherches Google vont tomber en erreur 404 à la suite du changement de domaine sur le site WordPress.
En pratique il suffit de pointer le domaine X vers le dossier où est ton site WordPress et dans l’administration de ce dernier changer les URL de bases (siteurl et home) par l’URL du domaine X.
Je te conseille de faire une sauvegarde de ton site WP AVANT de te lancer là dedans.
Une fois l’opération effectuée et validée tu peux supprimer le dossier Joomla. Il convient de garder le domaine Y une année supplémentaire avec une redirection 301 vers le domaine X.