Salut, J’ai un mu en sous-domaine (blog_name.domaine.com) et l’autre en « /dossier » (domaine.com/blog_name)
Mon expérience est encore trop jeune en WPmu pour te répondre completement mais voila ce que je tire de ma petite expérience :
Pour le moment je n’ai eue qu’un petit soucis entre les deux installs : un plugin wpmu (sais plus lequel) était fait pour fonctionner en blog_name.domaine.com et j’ai due l’adapter pour lui dire domaine.com/blog_name (rien de bien difficile donc)
La différence que je vois surtout (que je pense plutôt) est qu’en version sous-domaine il n’y a aucun soucis à faire des pages sur le blog « maitre » alors qu’en version « /dossier » cela peux en poser exemple faire une page mondomaine.com/aide feras un soucis avec la personne qui crée ou à créer un blog nommé aide 🙂